Der menschliche Darm beherbergt ein komplexes Ökosystem aus Billionen Mikroorganismen (Mikrobiom), das Verdauung, Immunsystem und Stoffwechsel beeinflusst. Ein Forschungsteam unter Leitung der Universität Wien zeigt mit dem Analyseansatz „Reverse Ökologie“, dass viele bekannte Darmbakterienarten aus mehreren evolutionär differenzierten Gruppen bestehen, die sich an unterschiedliche Bedingungen im Darm angepasst haben. Einige dieser Populationen stehen mit höherem Alter, chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen, Darmkrebs und Typ-2-Diabetes in Zusammenhang. Die Ergebnisse wurden nun in Nature veröffentlicht und können künftig die Suche nach Biomarkern verbessern und langfristig präzisere Therapien ermöglichen.

Mikrobiomstudien ordnen Bakterien meist ganzen Arten oder genetisch ähnlichen Gruppen zu. Diese Kategorien sind praktisch, bilden aber nicht unbedingt jene Populationen ab, die an unterschiedliche Bedingungen im menschlichen Körper angepasst sind. So bleibt oft unklar, welche Bakterien mit Erkrankungen in Zusammenhang stehen, welche lediglich Begleiterscheinungen sind – und welche möglicherweise schützen. Daraus ergibt sich eine zentrale Frage: Lassen sich präzisere biologische Einheiten finden, die durch Anpassung entstanden sind und verschiedene ökologische Nischen im Darm besetzen?

Über die Studie

Das Forschungsteam analysierte tausende bakterielle Isolate aus dem menschlichen Darm sowie umfangreiche Metagenomdaten – also die gesamte Erbinformation mikrobieller Gemeinschaften in der Probe  – von Menschen aus unterschiedlichen Ländern sowie verschiedenen Alters- und Gesundheitsgruppen. Mithilfe eines neu entwickelten bioinformatischen Verfahrens im Rahmen der „Reverse Ökologie“ – einem Ansatz, der aus Genomdaten auf ökologische Anpassungen schließt – suchten die Forschenden nach genetischen Spuren erfolgreicher Anpassung.

Mehr als eine Art

Besonders interessant waren Hinweise auf sogenannte „genomweite selektive Sweeps“ – Prozesse, bei denen ein Individuum eine begünstigende Mutation erhält und dadurch andere, nahverwandte Individuen verdrängt. Dadurch geht einerseits Diversität verloren und andererseits entstehen Populationen von Individuen, die verwandtschaftlich und funktionell sehr homogen sind und sich daher im Datensatz klar voneinander unterscheiden. Die Analyse zeigte, dass sich viele bekannte Darmbakterienarten in mehrere solcher Linien aufgliedern. Diese Populationen unterscheiden sich offenbar darin, unter welchen Bedingungen sie besonders gut gedeihen. „Wenn man nicht nur Arten zählt, sondern evolutionäre Anpassung berücksichtigt, erkennt man die biologisch relevanten Einheiten im Mikrobiom deutlich genauer“, sagt Erstautorin Xiaoqian Annie Yu, Centre for Microbiology and Environmental Systems Science (CeMESS), Universität Wien. „Selbst innerhalb derselben Bakterienart kommen manche Populationen bei bestimmten Erkrankungen häufiger vor als andere. Werden alle gemeinsam betrachtet, bleibt das oft verborgen.“

Globale Ausbreitung innerhalb weniger Jahrzehnte

Die Forschenden fanden zudem Hinweise darauf, dass sich konkurrenzstarke Populationen über Kontinente hinweg rasch verbreiten können – teils innerhalb weniger Jahrzehnte. Ein solches Muster ist bislang vor allem von Krankheitserregern bekannt.
„Unsere Ergebnisse zeigen, dass auch Darmbakterien dynamischer sind als lange angenommen. Gut angepasste Linien können sich international verbreiten und neue ökologische Nischen besetzen“, sagt Studienleiter Martin F. Polz von der Universität Wien.
Das deutet darauf hin, dass nicht nur Ernährung, Medikamente oder Lebensstil das Mikrobiom formen, sondern auch Übertragungsprozesse zwischen Menschen eine wichtige Rolle spielen könnten.

Neue Perspektiven für Medizin und Diagnostik

Die Studie eröffnet neue Möglichkeiten für die Mikrobiomforschung. Statt ganze Bakterienarten mit Erkrankungen zu verknüpfen, könnten künftig gezielt jene Populationen erfasst werden, die tatsächlich von Bedeutung sind. Das könnte die Suche nach Biomarkern verbessern und langfristig präzisere Therapien ermöglichen – etwa durch die gezielte Förderung nützlicher oder die Verdrängung problematischer Bakterienlinien. Als nächsten Schritt will das Team untersuchen, welche Gene die identifizierten Populationen voneinander unterscheiden und welche biologischen Funktionen damit verbunden sind.

Zusammenfassung

• Viele Darmbakterienarten bestehen aus mehreren evolutionär eigenständigen Populationen.
• Einige dieser Populationen sind mit Alter, Darmkrebs, entzündlichen Darmerkrankungen und Typ-2-Diabetes assoziiert.
• Erfolgreiche Linien können sich weltweit innerhalb weniger Jahrzehnte verbreiten.
• Der Ansatz könnte präzisere Diagnostik und gezieltere Mikrobiomtherapien ermöglichen.

Originalpublikation:

Xiaoqian et al (2026): Genome-wide sweeps create ecological units in the human gut microbiome. In Nature.

DOI: 10.1038/s41586-026-10476-w

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